Petites vies

Gloire aux microbes !

Illustration : Alice Saey

Ils étaient là avant nous et seront là après nous. On ne les voit pas, mais ils sont partout. On ne le sait pas, mais on leur doit tout. Ces soldats ­inconnus ne sont autres que les microbes. Bactéries, virus, champignons ­unicellulaires et autres « petites vies » sont réputés donner la mort. ­Pourtant, ce sont de grands alliés, des entités terrestres ancestrales qui nous ont offert le secret de l’énergie, les arcanes de l’autodéfense ou encore la solution de la digestion. C’est en arpentant ce microcosme qui a tant contribué à l’évolution et à la vie sur Terre que des brèches s’ou­vriront dans nos imaginaires pour nous aider à mieux penser ce qui vient.

Qu’on parle de la crise écologique ou de celle des vivants, les microbes ne sont que très rarement évoqués. Leur rôle est pourtant capital. Invisibles, les micro-organismes n’en déterminent pas moins dans les grandes lignes ce qui advient de tous les êtres vivants et des cycles de la matière. À tous les niveaux, ils font et défont la trame du vivant. Les microbes régulent les écosystèmes, modulent les flux de carbone et d’azote, produisent la moitié de l’oxygène disponible, forment des symbioses avec tous les êtres vivants, protègent des microbes pathogènes, facilitent l’absorption des nutriments, instruisent le système immunitaire et régulent quantité de paramètres physiologiques. Il n’y a pas d’être vivant qui puisse se passer de son cortège de microbes, car ces derniers ont fait des pactes intimes et irrévocables avec chaque espèce. Dans les intestins, sur les feuilles et les appendices, dans la bouche et sur les ailes, dans les pistils et entre les doigts de pieds, sur les écailles et à la base des poils, sur l’abdomen et dans les nodules, dans les yeux et le sexe, les microbes se sont accommodés de toutes les excen­tricités du vivant. Quelle que soit l’échelle à laquelle on se place, les microbes sont à l’œuvre. Nos cellules sont même habitées par le lointain souvenir d’une symbiose avec une bactérie qui nous a offert le secret de la fabrication de l’énergie.

Pour autant, y a-t-il une forme de vie plus méprisée que les microbes ? Au sein même de notre langue se logent des milliards de microbes et un malentendu. Car le moment où nous les avons découverts a coïncidé avec la compréhension que certaines maladies leur étaient dues. Nous les avons baptisés d’un nom qui portait dès le début les germes d’une détestation faite pour durer. Le mot microbe signifie littéralement « petite vie » (du grec mikros « petit », et bios « vie ») et n’est donc pas teinté de mépris en soi, mais son usage l’a fait ­dériver vers une connotation négative. Je le préfère au terme plus neutre de micro-organisme, qui veut strictement dire la même chose, les préjugés négatifs en moins : faire entendre le mot microbe, c’est regarder nos a priori en face pour tenter de s’en déprendre, et assumer qu’il persiste un malentendu qu’il s’agit de dénouer dans les imaginaires collectifs.

Parlementer avec l’invisible

Ils ont été de tous les combats et seront, une fois encore, une des clés des équilibres planétaires. L’impact des grands bouleversements passera par le prisme des microbes qui représentent l’immense majorité des formes de vie sur Terre, tant par le nombre d’individus que par leur diversité. De la survie des microbes dépend en grande partie le salut de tous les autres vivants. Quand on parle de biodiversité, on pense aux abeilles, aux baleines, aux ours polaires et aux hirondelles, mais les microbes ne sont que très ­rarement mentionnés. Ils ne trônent pas non plus en poster dans les chambres des enfants. Sans vouloir faire de l’ombre aux autres ­créatures, les microbes ont pourtant largement de quoi faire rêver si on parvient à changer notre regard et à contempler l’incroyable royaume qu’ils habitent. Par leurs pouvoirs quasi magiques, leur mystère et parce qu’ils résident dans l’invisible, ils invitent à la rêverie et excitent l’imagination. Il ne s’agit pas de concurrence ­victimaire avec les ours blancs mais, au contraire, de solidarité organique au sens littéral. Ce n’est pas l’un ou l’autre, mais l’un et l’autre.

Les microbes ne peuvent plus être tenus à l’écart des réflexions sur la crise que connaît le vivant, car ils sont indispensables à ­chacune des vies que l’on voit s’éteindre. Lorsque le cortège microbien d’un individu se dégrade, il met en péril l’existence du super-­organisme où il exerçait ses pouvoirs. C’est le cas des abeilles, chez qui le glyphosate altère en premier lieu le microbiote intestinal qui ne peut plus dès lors les protéger contre les invasions ultérieures de pathogènes. Nous en faisons nous-mêmes les frais lorsqu’un traitement antibiotique, qui anéantit une partie de notre microbiote, nous expose par la suite à des infections, notamment à la bactérie Clostridium difficile.

Ils doivent donc eux aussi pouvoir s’inviter à la table des négociations. Non pas qu’ils soient en danger, ils n’ont d’ailleurs aucunement besoin de nous. Mais nous avons besoin d’eux. De leurs savoir-faire et de leur grande dextérité. Notre mépris et nos peurs doivent être surmontés, dépassés, pour affronter ensemble les grandes questions qui nous sont posées individuellement et collectivement.

Bien sûr, il est difficile de faire entendre cela en pleine pandémie et déclarer « Gloire aux Microbes ! » peut sembler provocateur. C’est pourtant l’occasion inespérée de s’y intéresser enfin, de dépasser nos préjugés et de comprendre que les microbes sont beaucoup plus des alliés que des ennemis, puisque la métaphore guerrière a amplement accompagné cette crise. On pourrait même dire que les microbes nous aident à y voir clair. Car cette éruption cutanée planétaire est un indicateur particulièrement utile pour comprendre que nous avons franchi les limites, comme le virus a franchi en sens inverse une barrière interespèces. Contrairement à ce qu’on a pu entendre ici et là, cette épidémie n’est ni un pur hasard, ni une invention humaine, ni une vengeance de la nature, mais la conséquence prévisible de notre manière d’habiter le monde actuellement.

Les microbes composent et décomposent le monde

Les microbes forment l’immense majorité du vivant. Il y a plus ­d’espèces de microbes sur Terre que d’étoiles dans notre Galaxie. On compte environ mille milliards d’espèces de micro-organismes contre dix millions d’espèces animales seulement. Ils sont précurseurs, ont façonné le décor du monde dès le début, y instaurant dans les grandes lignes les paramètres avec lesquels les autres vivants allaient devoir composer. Ce sont eux qui régissent l’essentiel de ce qui se joue dans les coulisses du vivant. Ils sont tapis dans l’invisible, comme le metteur en scène observant ce qui se joue sur scène, sans relâche, sans entracte, modifiant au fil des représentations la toile de fond, le cadre, l’apparence et le jeu des acteurs, parfois de manière radicale en supprimant certains rôles.

On les trouve dans les lieux les plus insoupçonnés, dans des milieux où aucune forme de vie complexe ne peut résister tant les conditions sont inhospitalières. Contrairement aux autres êtres, qui habitent une très fine pellicule de la planète Terre, les microbes font le grand écart entre les hautes altitudes aériennes et les profondeurs terrestres. On en retrouve dans la troposphère du ciel qui accueille chaque jour et sur chaque mètre carré des milliards de virus et des dizaines de millions de bactéries qui retombent au gré des vents, des tempêtes de sable et des pluies. On en trouve également dans les entrailles de la Terre à plusieurs kilomètres de profondeur où ils forment une vie intraterrestre assez ahurissante puisqu’il leur faut tirer leur énergie de l’altération des roches.

La Terre porte la vie dans ses contrées acides, brûlantes, privées de lumière, autant que dans son enveloppe gazeuse, transparente au regard mais densément peuplée de vie microscopique. Par leur trajectoire dans les airs et sous la Terre, les microbes dessinent les circonvolutions d’un peuple migrateur invisible profitant pleinement des dynamiques géologiques pour s’y engouffrer.

Le microbe nous introduit à la polyphonie et exauce les chimères

D’autres microbes s’établissent chez les êtres vivants. Dès lors, un pacte intime et profond les unit. Les microbes tissent des réseaux invisibles qui relient les vivants les uns aux autres, dans la vie et dans la mort. Ils sont nos ancêtres et nos contemporains, nos parents et nos cousins. Ils sont en nous, vivent au creux de ­territoires intimes, au plus profond de nous, jusque dans nos ­cellules et s’activent nuit et jour, sans relâche, faisant de nous des êtres pluriels, des identités débordantes, semi-humaines et semi-­microbiennes. Notre véritable nature est foisonnante et chamailleuse. L’humain sait depuis Copernic qu’il n’habite pas le centre de l’univers et depuis Darwin qu’il n’est pas au sommet de l’évolution. Il devra vivre désormais avec une nouvelle blessure narcissique : il n’est pas une entité unique, mais le siège d’innombrables autres espèces sans lesquelles il ne pourrait survivre. L’humain n’est pas le seul maître à bord de son propre navire. Il ne peut plus dire « qui », de lui ou des microbes, tient le gouvernail. Les microbes font voler en éclat le dogme de l’organisme unique et pur.

Qu’on le veuille ou non, nous entretenons des relations extrêmement nombreuses et très intimes avec les microbes : chaque être vivant a sa propre escorte de microbes, son propre microbiote qu’il hérite en grande partie à sa naissance du microbiote vaginal de la mère et durant l’allaitement. À moins de naître par césarienne, auquel cas le microbiote se compose différemment, avec probablement une susceptibilité accrue aux allergies et autres déficiences. On parle désormais d’holobionte et non plus d’individu, c’est-à-dire d’un hôte et de son cortège de microbes. Même sur un plan purement métaphysique, les microbes nous apportent la contra­diction au moment où les nations se replient sur elles-mêmes, érigent des frontières et exacerbent les sentiments identitaires. Les microbes nous apprennent que la pureté n’existe pas. Ce fantasme est mortifère parce que stérile et qu’aucune vie ne peut s’épanouir en vase clos. La vie est une contamination permanente. L’étranger est en nous. Le microbe nous introduit à la polyphonie et exauce les chimères. Si l’on se place au niveau cellulaire, nous avons autant de cellules humaines que microbiennes. Mais si l’on se place au niveau du génome, et parce que les microbes qui nous peuplent sont très divers les uns des autres, alors l’immense majorité de notre holo­génome est microbien ! Cet hologénome c’est comme un marbre veiné de millions de ruisseaux charriant chacun une identité génétique. Et si l’on se rapproche encore, chacun de ces ruisseaux est lui‑même un torrent alimenté par des milliers d’affluents hérités de tous nos ancêtres.

Il y a aussi des microbes fantomatiques qui persistent dans chacune de nos cellules comme les vestiges d’un lointain passé où ils étaient venus trouver refuge en échange de quoi ils produisaient pour nous le précieux carburant qui alimente encore aujourd’hui nos cellules. Ces anciennes bactéries sont devenues des organites qu’on appelle les mitochondries, les unités de production de notre énergie. Chez les plantes, en plus des mitochondries, d’autres microbes sont devenus les chloroplastes, les organites qui leur permettent de produire l’énergie directement à partir de l’astre solaire ! Ces idylles endosymbiotiques illustrent l’interdépendance et l’intimité qui nous ont toujours liés aux microbes.

Le virus butine et façonne le vivant

De tous les microbes, les virus sont sans doute les plus redoutés. Leur appellation en atteste clairement puisque  fait référence au poison, au venin. La métaphore des virus informatiques et la situation actuelle n’ont fait que renforcer cette aversion. Là encore, le tableau est trompeur, car nous devons énormément de choses aux virus, puissantes entités qui n’apportent pas que la maladie, loin de là. D’entrée de jeu, les virus se dérobent. Ils échappent à toutes les tentatives de classement. Ce sont des passagers clandestins de la vie, qu’on ne parvient pas à régulariser, des êtres transfrontaliers, vagabondant d’une cellule à une autre, d’un corps à un autre, d’une espèce à une autre. Sont-ils vivants ? La querelle demeure. De prime abord, ils ne le sont pas car ils n’ont pas les grandes caractéristiques du vivant, notamment la capacité de répliquer avec leurs propres moyens leur matériel génétique. Mais leur contribution immense auprès des vivants nous force à reconsidérer l’image que l’on se faisait de la vie et du processus même de l’évo­lution. Comme à leur habitude, les virus semblent en mesure de ­forcer les frontières et les catégories. Ils nous obligent en parti­culier à revoir les représentations phylogénétiques qui racontent les parentés entre espèces de manière encore trop verticale et sans rendre compte de tous les dérapages qu’on leur doit, véritables orfèvres de nos génomes, butineurs et nomades de l’évolution. Darwin aurait été bouleversé de voir comme ils tailladent ce fameux arbre de l’évolution (qu’il voyait lui-même plus justement incarné par le corail), comme ils le bardent de lianes, comme ils le greffent de toute part. Ce sont les arboriculteurs en chef de l’arbre du vivant, ils le taillent et le réarrangent sans cesse, et s’effacent devant cette œuvre involontaire qu’ils habitent de l’intérieur.

Car il faut s’imaginer le virus comme une sorte de collectionneur compulsif, cleptomane et tête en l’air. Lorsqu’il infecte une cellule, il a tendance à embarquer des morceaux d’ADN de son hôte et peut tout aussi bien oublier ses propres fragments, qui s’intègreront parfois au génome de la cellule infectée. Parfois, ces fragments sont justement ceux maladroitement empruntés à l’espèce précédente. C’est ainsi que des morceaux d’ADN d’une espèce peuvent voyager et se retrouver chez une autre. Cette dernière peut en mourir, s’en servir ou ne pas savoir quoi en faire, et peut-être s’en servir plus tard, le « moment venu ». N’avez-vous jamais conservé une bricole en vous disant que cela vous serait bien utile un jour, en cas de besoin ? Le vivant fait de même. Et lorsque les conditions de vie changent au cours du temps, fortunées sont les générations ayant conservé dans le grenier de leur génome la recette, le savoir-faire idoine pour se sortir d’affaire. Beaucoup de choses sont inutiles au sein de notre génome. Inutiles maintenant. Mais qui sait ce que l’avenir nous réserve ? La vie fonctionne donc réellement par contaminations successives. Et le virus tient le rôle principal puisqu’il est le plus puissant vecteur de l’évolution, récoltant et semant à travers l’ensemble du vivant le contenu de son butin.

Reconnaissance de dette

De lui, nous avons hérité beaucoup de choses. Au moins ses multiples rencontres avec nos aïeuls ont-elles laissé des traces. Car 8 % de notre génome nous a été transmis par des virus. Cet ADN viral – qui recèle une centaine de milliers de gènes – contient, entre autres, la recette du placenta, un tissu extrêmement complexe qui permet de faire transiter la nourriture et l’oxygène de la mère au fœtus tout en empêchant le système immunitaire maternel de déclencher une attaque contre l’embryon, qui lui est étranger. Sans le placenta, nous n’aurions jamais vu le jour, pas plus que les autres mammifères. Mais les virus pourraient également se vanter d’avoir façonné notre système nerveux en permettant à l’information de se mouvoir de neurone en neurone, stimulé nos capacités de mémorisation, autorisé la fusion entre le spermatozoïde et l’ovocyte, d’avoir ouvragé les noyaux de nos cellules et tant d’autres choses !

Les virus régentent jusqu’aux molécules de l’air. Nous pensons à tort que le poumon de la planète est une forêt et que seul le monde végétal nous offre l’oxygène. En réalité, nos poumons sont océaniques, car l’oxygène nous vient en grande majorité de l’eau, non seulement du phytoplancton mais aussi des virus ! La quasi-totalité de la biomasse des océans est microbienne, et ce sont ces créatures invisibles qui ouvragent la moitié de l’oxygène présent sur Terre ! Chaque goutte d’eau de mer contient plus d’un million de virus (je vous laisse calculer le nombre de virus avalés lorsque l’on boit la tasse). Véritables chefs d’orchestre sous-marins, les virus président aux cycles de la matière, déciment les uns, libèrent des nutriments pour les autres, et, en fin de compte, nous offrent cette précieuse molécule qu’est le dioxygène. Respirez profondément, cette bouffée d’air frais vous est offerte par ceux que vous croyiez haïr.

La catastrophe écologique qui nous a permis de voir le jour

Une catastrophe n’en est pas une pour tout le monde. On l’a bien vu avec cette épidémie qui a, dans certaines zones, permis à la faune et à la flore de se redéployer là où les activités humaines obligeaient auparavant la vie non humaine à se retrancher dans des espaces de plus en plus exigus. Nous-mêmes devons notre salut à la pire catastrophe de tous les temps, la catastrophe dite de « l’oxygène » ! C’était il y a 2,3 milliards d’années. Des cyanobactéries séquestraient le carbone tout en rejetant du dioxygène qui s’est concentré dans l’atmosphère jusqu’à un taux dix mille fois plus élevé qu’auparavant. Or, l’oxygène était hautement toxique pour la plupart des organismes de l’époque. Ce déséquilibre a provoqué l’une des plus grandes extinctions de masse, la majeure partie des êtres vivants succombant à la morsure de l’oxygène. À ce moment-là, certains d’entre eux parviennent à survivre et voient leur métabolisme grandement amélioré par l’utilisation de l’oxygène. Les organismes capables de mettre en œuvre la respiration prennent le pas sur les organismes qui pratiquent la fermentation, et des formes de vie de plus en plus complexes voient le jour. L’ozone, qui dérive du dioxygène, apparaît dans la foulée et permet de protéger les êtres du rayonnement solaire. C’est ainsi que la vie aérobie, dont nous ­faisons partie, a pu se développer sur les ruines d’un monde qui n’aura pas eu l’occasion d’inventer la suite de l’histoire de la vie purement anaérobie. Qui sait à quoi auraient ressemblé les organismes aujourd’hui ? Les cyanobactéries n’avaient pas de responsabilité morale à provoquer l’agonie massive des vivants anaérobies en émettant de fortes concentrations de dioxygène dans l’atmosphère. Mais lorsque l’humain pollue et intoxique l’air, les sols, les océans, et asservit les vivants humains et non humains, il a une responsa­bilité. Non seulement parce qu’il en a conscience. Mais aussi parce qu’il a les moyens de faire autrement.

La vie n’est pas en danger, mais les vivants le sont

Une nouvelle catastrophe se profile. Peut-être aussi féroce que la catastrophe de l’oxygène. Cette fois, elle est prévisible, nous la voyons arriver et nous avons les moyens de l’enrayer. Mais même si notre survie en dépend, il n’est pas absolument certain que nous parviendrons à rectifier le tir. Auquel cas la planète ne succombera pas. Elle continuera à tourner et d’autres créatures se mettront à régner, d’autres chemins évolutifs prendront la suite comme lorsque la vie aérobie s’est élevée sur le vide laissé par la vie anaérobie qui fut en son temps asphyxiée par trop de dioxygène, là où nous commençons au contraire à souffrir d’un excès de dioxyde de carbone. La vie n’est pas en danger. Elle ne l’a jamais été, pas même dans les périodes d’extinction massive. Ce sont les vivants qui sont en danger. Et la vie telle que nous la connaissons qui est gravement en péril. D’autres vivants s’accommoderont de ce qui aura été invivable pour nous et nos semblables. Il n’y a pas de niche écologique qui se vide sans que de nouveaux venus s’en emparent. C’est là ­l’incroyable ténacité de la vie qui ne recule devant aucune embûche. C’est encore une blessure narcissique pour nous, humains, d’accepter que d’autres vivants régneront probablement après nous, sur les ruines de nos civilisations, et qu’ils se délecteront de ce qui aura causé notre perte.

Les organismes multicellulaires seront les plus exposés, les plus vulnérables. La vie unicellulaire, au contraire, a toujours été la plus résiliente et il faut croire que si les microbes ont ouvert le bal, ils le fermeront très certainement si nous n’apprenons pas à danser en rythme avec les autres êtres vivants. Et même quand la Terre sera détruite par le Soleil dans quelques milliards d’années, et qu’elle ne sera donc plus habitable pour aucune forme de vie, la vie trouvera un chemin. Les microbes ne capituleront pas. Sans doute prendront-­ils le large. De petits régiments se sont déjà dispersés au gré des vols spatiaux. L’espace intersidéral, si inhospitalier soit-il pour nous autres, n’est qu’une autre demeure pour les gitans du cosmos que sont les microbes. 



L'autrice

Marie-Sarah Adenis est diplômée en design (ENSCI--les-Ateliers) et en biologie (ENS-Ulm). Elle a co-fondé PILI, une entreprise de bio-technologie dont elle assure la -direction artistique, et enseigne par ailleurs dans des écoles d’art et de design (ENSAD, ENSCI) explorant avec les élèves de nouveaux contextes de recherches transdisciplinaires afin de faire émerger d’autres rapports entre vivant, technologie et société.